Зло всегда будит бороться с добром и искать все возможные варианты, чтобы уничтожить своего врага... На этот раз, в борьбу сойдутся сразу несколько сил....

На стороне добра сражаются люди обладающие даром бога, они называют его Чистая Сила. Это - Экзорцисты. Они защищают людей от сил зла. Борются с Акумами и Тысячелетнем Графом.
Сторону зла занимает Тысячелетний Граф, это существо не является ни человеком, но и не монстром. Он как кукольник, у него много марионеток и он управляет ими всеми во имя достижений своей цели.
Марионетки в его спектакли это "Акума" – демоны, которых он создает и семья "Ноя"- падшие люди. Чтобы достичь своей цели Тысячелетний граф пойдет на все. И такой шанс ему выпадает. Однажды Тысячелетний Граф узнал о философском камне. Согласно легенде этот камень дарует великую силу и бессмертие.  Но камень долгое время считался всего лишь легендой и чуть ли не выдумкой алхимиков. Однако Граф находит нужного человека - алхимика, который сказал, что философский камень не выдумка и его можно получить.
Только для этого нужно открыть врата истины и пройти через них. В наши дни к сожалению, алхимия не применяется так как раньше. Но врата истины дадут нужное знание и приведут в мир, где создавали философский камень. Все что нужно сделать, это открыть врата и пройти через них.  Граф заставляет алхимика открыть врата истины. Алхимик открывает врата истины, и Граф вместе с семьей Ноя проходит через них...
В это же время черный орден занимается поисками чистой силы. Экзорцисты находят новую чистую силу. Она создает вокруг себя поле нечто вроде портала и все что туда попадает,  исчезает неизвестно куда. Экзорцисты решают испытать это поле и входят в него, после чего пропадают из виду...
Страна Аместрис , куда попали наши герои, вновь оказалась в объятиях Хаоса. В это время Братья Элрики путешествовали по миру, и подумать не могли, какая угроза зависла над их родной страной.  Тысячелетний Граф создает филофсокие камни, но ему мало маленьких красных камней. Он мечтает заполучить камень по больше, а для этого нужно привести в жертву целую страну..